ปัจจุบันห้องปฏิบัติการได้รับรองมาตฐานคุณภาพต่างๆ ไม่ว่าจะเป็นมาตรฐาน ISO/IEC17025:2017, ISO 9001:2015, การประเมินสมรรถนะห้องปฏิบัติการทางวิทยาศาสตร์ตามมาตรฐาน ISO/IEC 17025:2017 ตามขอบข่ายในการตรวจรับรองฮาลาล เพื่อให้เป็นไปตามมาตรฐาน UAE.S 2055-2:2016 และเป็นไปตามข้อกำหนด ผู้รับจ้างช่วงการทดสอบ จากสำนักงานคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย (ศกอท.) และยังผ่านการตรวจประเมินและรับรองห้องปฏิบัติการในรูปแบบ peer evaluation phase 1 จากศูนย์บริหารความปลอดภัยอาชีวอนามัย และสภาพแวดล้อมในการทำงาน สำนักงานการวิจัยแห่งชาติ(วช.) ร่วมกับมหาวิทยาลัยมหิดล โดยห้องปฏิบัติการให้บริการทดสอบใน 4 พารามิเตอร์ที่สอดคล้องกับหลักการศาสนาอิสลาม ได้แก่ ทดสอบปริมาณเอทิลแอลกอฮอล์ทดสอบส่วนประกอบของกรดไขมัน ทดสอบการปนเปื้อนเจลาติน และทดสอบสารพันธุกรรมของสุกร
ห้องปฏิบัติการได้นำองค์ความรู้ด้านวิทยาศาสตร์ฮาลาล ทำงานกับสังคมอย่างต่อเนื่อง เพื่อการคุ้มครองผู้บริโภค และสร้างความเชื่อมั่นในผลิตภัณฑ์ที่บริโภคอีกด้วย โดยเก็บตัวอย่างจากท้องตลาดมาทดสอบคุณภาพวิเคราะห์การปนเปื้อน ตามหลักการศาสนาจากอดีตจนถึงปัจจุบัน
ดำเนินการทดสอบไปมากกว่า 176,309 ตัวอย่าง โดยผลิตภัณฑ์ที่พบการปนเปื้อนส่วนใหญ่พบการปนเปื้อนสุกรในผลิตภัณฑ์แปรรูปจากเนื้อสัตว์ เช่น ลูกชิ้น ไก่เชียง ห้อยจ๊อ ไก่หยอง เป็นต้น โดยผลิตภัณฑ์ดังกล่าวเป็นผลิตภัณฑ์ที่มีการรับรองฮาลาล และผลิตภัณฑ์ที่ผลิตโดยมุสลิม และเมื่อดำเนินการตรวจพบการปนเปื้อน ทางศูนย์ฯ จะดำเนินการส่งเรื่องให้ฝ่ายที่เกี่ยวข้องเพื่อดำเนินการต่อไป
การดำเนินงานตรวจสอบดังกล่าวของห้องปฏิบัติการนิติวิทยาศาสตร์ฮาลาลนั้น จึงเป็นเหมือนเครื่องมือในการเฝ้าระวัง ไม่ให้ผู้ผลิตอาหารปนเปื้อนสิ่งต้องห้ามลงไป
สำหรับในปี 2563 ที่ผ่านมา พบเหตุการณ์ที่สร้างความตระหนกให้แก่ผู้บริโภคมุสลิมกับการระบาดของเนื้อวัวปลอม ห้องปฏิบัติการฯ มีการตรวจพบการปนเปื้อน DNA สุกรในตัวอย่างเนื้อวัว ซึ่งเป็นการปลอมปนเนื้อสุกรในเนื้อวัว โดยนำเนื้อสุกรมาย้อมด้วยเลือดวัวและขายเป็นเนื้อวัว พบระบาดในหลายพื้นที่ ส่งผลให้ผู้บริโภคมีความกังวลในการเลือกบริโภคเนื้อวัว ทั้งเนื้อสดและเนื้อแปรรูป โดยไม่ทราบแหล่งที่มา ซึ่งผู้ที่ได้รับผลกระทบจากเรื่องนี้ไม่ใช่เพียงผู้บริโภคมุสลิมเท่านั้น ผู้บริโภคที่ไม่ใช่มุสลิม ร้านอาหาร ผู้ค้ารายย่อย รวมทั้งเขียงเนื้อในตลาดก็ได้รับผลกระทบเช่นเดียวกัน
การตรวจพบเริ่มต้นเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ 2563 ทางห้องปฏิบัติการฯ ใช้เทคนิค Real-time PCR ในการตรวจวิเคราะห์หา DNA สุกร และ DNA วัว ในตัวอย่างเนื้อที่ส่งตรวจ ผลการตรวจ DNA ของตัวอย่างเนื้อพบว่าเป็นเนื้อสุกร 100% นอกจากนี้ได้ตรวจตัวอย่างเนื้อวัวทั้งสิ้น 42 ตัวอย่าง พบการปนเปื้อนถึง 29 ตัวอย่าง
จากเหตุการณ์ดังกล่าว รศ.ดร.วินัย ดะห์ลัน ผู้อำนวยการศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล ได้ร่วมมือกับองค์กรหลายฝ่าย เพื่อหาแนวทางในการกำจัดปัญหาประเด็นดังกล่าว ได้แก่ สำนักงานคณะกรรมการคุ้มครองผู้บริโภค (ศคบ.) กองบังคับการปราบปรามการกระทำความผิดเกี่ยวกับการคุ้มครองผู้บริโภค (บก.ปคบ.) กรมปศุสัตว์ สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา (อย.) กรมสอบสวนคดีพิเศษ (DSI) สำนักงานคณะกรรมการอิสลามแห่งประเทศไทย สถาบันมาตรฐานฮาลาลแห่งประเทศไทย โดยมี คุณอลงกรณ์ พลบุตร ที่ปรึกษารัตมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เป็นประธาน ซึ่งการดำเนินงานลุล่วงไปด้วยดี ทำให้ผู้บริโภคกลับมาเชื่อมั่นผลิตภัณฑ์เนื้อวัวในเขียงเนื้อได้อีกครั้ง
จะเห็นได้ว่าตลอดระยะเวลา 18 ปี ที่ผ่านนั้น ห้องปฏิบัติการนิติวิทยาศาสตร์ฮาลาล ของศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล ยังคงดำเนินงานในการสร้างความเชื่อมั่นให้กับผู้บริโภค ทั้งที่เป็นมุสลิมและไม่ใช่มุสลิมอย่างต่อเนื่อง และยังอยู่เคียงข้างสังคมไทย ในการรักษาไว้ซึ่งมาตรฐานของผลิตภัณฑ์ให้เป็นที่ยอมรับทั้งในและต่างประเทศต่อไป